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[发明专利]一种适用于文蛤家系鉴定的微卫星标记方法-CN201210112325.X有效
发明人：卢霞;王鸿霞;刘保忠 -专利权人：中国科学院海洋研究所
申请日： 2012-04-17 - 公布日： 2012-10-10 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明涉及遗传育种的分子辅助技术，具体的说是一种适用于文蛤家系鉴定的微卫星标记方法。具体为包括微卫星位点来源、引物设计、引物优化和微卫星标记家系鉴定体系确立四个步骤，先用磁珠富集文库方法筛选微卫星序列，用微卫星检索软件进行微卫星片段的快速分离；在微卫星重复的侧翼序列设计引物，优化引物成为微卫星标记；然后对微卫星标记在扩增过程中的重复性、稳定性和多态性信息含量值进行综合评价，确认其中的微卫星标记作为文蛤家系微卫星鉴别体系，用于文蛤不同家系的区分或个体间识别和鉴定，为文蛤遗传选育提供分子标记手段。
一种适用于文蛤家系鉴定卫星标记方法

[发明专利]用于雄性罗氏沼虾遗传多样性分析的微卫星标记组合及引物-CN201810471020.5在审
发明人：马华威;黄光华;吕敏;杨慧赞;王瑞;杨琼;卢小花;曾兰;甘晖;阮志德;黄立斌 -专利权人：广西壮族自治区水产科学研究院
申请日： 2018-05-17 - 公布日： 2018-07-31 - 主分类号： C12Q1/6888 文献下载
摘要：本发明公开了用于雄性罗氏沼虾遗传多样性分析的微卫星标记组合及引物。用于雄性罗氏沼虾遗传多样性分析的微卫星标记组合，包括以下微卫星标记或其核苷酸序列的互补序列：微卫星标记1、微卫星标记2、微卫星标记3、微卫星标记4、微卫星标记5、微卫星标记6、微卫星标记7；其核苷酸序列分别如本发明提供了一种用于提供雄性罗氏沼虾遗传多样性分析的微卫星位点，结果显示，所有微卫星位点均显示高度差异性，该微卫星标记组合易识别、高度多态，非常适于研究不同的近亲雄虾组遗传结构，为罗氏沼虾优质父本选育提供基础性遗传信息
微卫星标记罗氏沼虾遗传多样性分析核苷酸序列微卫星位点引物高度差异性父本选育互补序列遗传结构遗传信息易识别多态雄虾遗传发育调控研究

[发明专利]筛选微卫星位点的方法及其应用-CN202110042650.2有效
发明人：肖姗姗;王涛;常壹昭 -专利权人：杭州瑞普基因科技有限公司
申请日： 2021-01-13 - 公布日： 2022-06-10 - 主分类号： C12Q1/6809 文献下载
摘要：本发明提出一种筛选微卫星位点的方法，该方法包括：(1)对已知微卫星稳定性状态的样本进行测序，以便获得包含待分析微卫星位点的测序读段；(2)基于所获得的测序读段，采用下列两种方式至少之一进行微卫星位点的筛选：(a)将所述测序读段与参考序列进行比对，获得包含所述待分析微卫星位点的测序读段的读段数目及读段长度，获得目标微卫星位点；和(b)基于包含待分析微卫星位点的测序读段在所述已知微卫星稳定性状态的样本中的step‑wisedifference值，获得目标微卫星位点。利用本发明的方法可以准确判断备选微卫星位点是否适合作为判定待检测样本微卫星稳定性的位点，使得所选择的微卫星位点可以准确判断待检测样本的微卫星稳定性的属性。
筛选卫星方法及其应用

[发明专利]哲罗鲑微卫星序列与多态性微卫星标记的获取方法和哲罗鲑多态性微卫星标记-CN200910073115.2无效
发明人：匡友谊;佟广香;尹家胜;孙效文 -专利权人：中国水产科学研究院黑龙江水产研究所
申请日： 2009-10-29 - 公布日： 2010-06-16 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：哲罗鲑微卫星序列与多态性微卫星标记的获取方法和哲罗鲑多态性微卫星标记，它涉及一种微卫星序列与多态性微卫星标记的获取方法和多态性微卫星标记。微卫星序列：一、提取哲罗鲑基因组DNA；二、哲罗鲑基因组DNA的酶切和微卫星富集文库的构建；三、菌落PCR扩增并进行阳性克隆检测和测序。哲罗鲑多态性微卫星标记：步骤一至三与上述方法相同；四、对哲罗鲑微卫星序列进行分析和引物设计；五、微卫星序列引物多态性鉴定。本发明哲罗鲑多态性微卫星标记共7对。
哲罗鲑微卫星序列多态性标记获取方法哲罗鲑

[发明专利]基于捕获测序的bMSI检测技术-CN201810626228.X有效
发明人：覃灏;白跃宗;李福根;熊磊 -专利权人：上海思路迪生物医学科技有限公司
申请日： 2018-06-15 - 公布日： 2020-04-03 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本发明涉及一种用于捕获来自肿瘤患者体液样品的微卫星的探针，所述探针包括以下一种或多种探针：a)在微卫星位点两侧分别设计的探针，所述探针覆盖微卫星位点两侧序列而不覆盖微卫星序列，b)在微卫星位点边界设计的探针，所述探针一部分完全或不完全覆盖微卫星位点，另一部分覆盖微卫星位点一侧的序列，c)跨越微卫星位点设计的探针，所述探针完全覆盖微卫星位点及其两侧的序列。通过本发明的探针能够只将含有微卫星序列的目标DNA片段捕获，改善检测肿瘤患者的微卫星不稳定的状态的灵敏度和特异性，从而有助于促进肿瘤的诊断和治疗。
基于捕获 bmsi 检测技术

[发明专利]考虑肿瘤纯度因素的基因组微卫星广域长度分布估计方法-CN201910385057.0有效
发明人：王嘉寅;王以瑄;张选平;闫新兴;冯旋;赵仲孟 -专利权人：西安交通大学
申请日： 2019-05-09 - 公布日： 2021-08-13 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种考虑肿瘤纯度因素的基因组微卫星广域长度分布估计方法，完成数据特征提取；找到微卫星候选区域；利用聚类算法筛选忽略的微卫星候选区域；遍历该区域的读段并进行分割；估计给定测序样本的肿瘤纯度；估计肿瘤组织微卫星的长度分布参数；利用长型微卫星的平均长度分布反映其整体的长度分布；基于包含微卫星指定窗口的覆盖度估计微卫星的平均长度，然后使用更新后的微卫星平均长度迭代估计指定窗口的覆盖度，检测完成纯肿瘤样本长型微卫星；判定长型肿瘤微卫星状态完成广域长度分布估计本发明解决了由于输入数据的肿瘤样本纯度问题导致的计算偏差，突破测序读段长度对可检出的基因组微卫星的长度限制，实现广域长度检测。
考虑肿瘤纯度因素基因组卫星广域长度分布估计方法

[发明专利]一种适用于仿刺参家系鉴定的微卫星标记方法-CN200910231575.3无效
发明人：胡景杰;彭薇;包振民;吕雅萌;黄晓婷;陆维 -专利权人：中国海洋大学
申请日： 2009-12-03 - 公布日： 2011-01-05 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明属于分子生物学DNA标记技术领域，涉及一种遗传育种的分子辅助技术，特别是一种适用于仿刺参家系鉴定的微卫星标记方法，包括微卫星位点来源、引物设计、引物优化和微卫星标记家系鉴定体系确立四个步骤，先用富集文库-菌落原位杂交法筛选微卫星序列，用微卫星检索软件进行微卫星片段的快速分离；在微卫星重复的侧翼序列设计引物，优化引物成为微卫星标记；然后对微卫星标记在扩增过程中的重复性、稳定性和多态性信息含量值进行综合评价，确认其中的微卫星标记作为仿刺参家系微卫星鉴定体系，用于仿刺参不同家系的区分或个体间识别和鉴定，实现标记功效，其设计原理可行，标记方式简单，应用性好。
一种适用于刺参家系鉴定卫星标记方法

[发明专利]无细胞DNA中的微卫星不稳定性检测-CN201980071631.3在审
发明人：亚历山大·阿特西奥门卡;马尔辛·西科拉;卡塔林·巴尔巴西奥鲁;达里娅·丘多瓦;玛蒂娜·I·莱福特罗瓦 -专利权人：夸登特健康公司
申请日： 2019-08-30 - 公布日： 2021-06-08 - 主分类号： G16B40/20 文献下载
摘要：本文提供了用于确定样品的微卫星不稳定性状态的方法。在一方面，该方法包括根据序列信息定量多于一个微卫星基因座的每一个处存在的不同重复序列长度的数目，以产生多于一个微卫星基因座的每一个的位点评分。该方法还包括对于多于一个微卫星基因座的每一个，将给定的微卫星基因座的位点评分与给定的微卫星基因座的位点特异性训练阈值进行比较，并且当给定的微卫星基因座的位点评分超过给定的微卫星基因座的位点特异性训练阈值时，将给定的微卫星基因座识别为不稳定，以产生微卫星不稳定性评分，该微卫星不稳定性评分包括来自多于一个微卫星基因座的不稳定的微卫星基因座的数目。
细胞 dna 中的卫星不稳定性检测

[发明专利]一种快速开发缢蛏微卫星分子标记的方法-CN201310503959.2无效
发明人：牛东红;李家乐;谢淑媚;王劦;赵弘刚 -专利权人：上海海洋大学
申请日： 2013-10-23 - 公布日： 2014-01-15 - 主分类号： C12N15/11 文献下载
摘要：本发明是一种快速开发缢蛏微卫星分子标记的方法，包括缢蛏微卫星序列的查找，基因组DNA的快速提取，微卫星引物的适用性扩增和微卫星标记的基因型鉴定方法。首先，在缢蛏转录组数据库中，按照微卫星分类标准，快速查找微卫星序列；其次，利用简化的苯酚氯仿抽提法，快速提取DNA；然后，建立缢蛏微卫星引物适用性的PCR扩增方法；最后，采用FAM荧光标记引物和ABI3730核酸分析仪进行缢蛏微卫星标记的鉴定，建立了一种快速开发缢蛏微卫星分子标记的方法。
一种快速开发缢蛏微卫星分子标记方法

[发明专利]一种微卫星不稳定分析方法及装置-CN202010632301.1有效
发明人：周衍庆;陈实富;汪周阳 -专利权人：深圳市海普洛斯生物科技有限公司
申请日： 2020-07-02 - 公布日： 2021-02-02 - 主分类号： G16B20/30 文献下载
摘要：本发明提供一种微卫星不稳定分析方法及装置，该方法包括；数据获取步骤，微卫星位点初次筛选步骤，样本训练步骤，微卫星位点再次筛选步骤，微卫星位点三次筛选步骤，微卫星稳定判断步骤。本发明能够基于现有的NGS检测数据分析结果挑选微卫星位点，直接分析样本的MSI状态，使用多个微卫星位点来分析MSI的状态，克服了PCR方法检测连续性差、容易误判的缺陷。
一种卫星不稳定分析方法装置

[发明专利]一种提高无参转录组微卫星标记多态性的筛选方法-CN201711077448.3有效
发明人：马爱军;崔文晓;黄智慧;刘志峰;刘晓菲;杨凯;张薇;唐启政;庄娇;曲江波 -专利权人：中国水产科学研究院黄海水产研究所
申请日： 2017-11-06 - 公布日： 2020-12-22 - 主分类号： C12Q1/6827 文献下载
摘要：本发明提供一种提高无参转录组微卫星标记多态性的筛选方法，属于分子生物学领域，所述方法的筛选原则和步骤依次为，初步选择重复次数为主流文献推荐的重复次数的微卫星；其次选择每个样品的FPKM平均值≥40的微卫星；然后选择FPKM值差的绝对值≥20的微卫星；然后选择微卫星所在基因片段≥400的微卫星；然后去除处在基因片段头或者尾的微卫星；最后利用BSA技术对微卫星进行筛选。本发明方法为第一个系统化的转录组微卫星筛选方法，首次全面确定了多个筛选条件，避免了单个条件降低筛选的效果和准确度；本发明首次根据二代测序的特点，明确了转录组中微卫星筛选的先后条件，避免重复性筛选以及条件错位引起的微卫星标记的遗漏
一种提高转录卫星标记多态性筛选方法

[发明专利]一种基于单肿瘤样本高通量测序微卫星不稳定性探测位点筛选方法-CN201911414501.3有效
发明人：孙大伟;柳毅;段小红;承康平;周启明 -专利权人：求臻医学科技（浙江）有限公司
申请日： 2019-12-31 - 公布日： 2023-06-27 - 主分类号： G16B20/20 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于单肿瘤样本高通量测序微卫星不稳定性探测位点筛选方法，该方法基于优化后的微卫星位点状态标志，采用机器学习技术，通过对每个微卫星位点进行建模分析，利用有效位点被判别为微卫星不稳定位点的百分比来探测每个样本是否为微卫星不稳定状态，实现只利用肿瘤样本测序数据来探测微卫星不稳定状态，能够高精度判断多个微卫星位点的稳定性，实现准确稳定的微卫星不稳定状态基因检测。
一种基于肿瘤样本通量测序微卫星不稳定性探测筛选方法

[发明专利]微卫星位点的筛选方法以及微卫星不稳定检测方法-CN202210032246.1在审
发明人：王磊;韩志军;王杰;郭浩 -专利权人：上海思路迪生物医学科技有限公司
申请日： 2022-01-12 - 公布日： 2023-07-21 - 主分类号： G16B25/20 文献下载
摘要：本发明涉及一种微卫星位点的筛选方法，所述方法能够筛选出多态性更低的微卫星位点。本发明还涉及一种微卫星不稳定检测方法，其使用由所述微卫星位点的筛选方法获得的微卫星位点。
卫星筛选方法以及不稳定检测

[发明专利]普氏野马微卫星位点组合及其引物和应用-CN202210667781.4在审
发明人：师玮;恩特马汗·阿站汗;张丽娇;徐文轩;汪沐阳;张赫凡;杨维康 -专利权人：中国科学院新疆生态与地理研究所;新疆维吾尔自治区野马繁殖研究中心
申请日： 2022-06-14 - 公布日： 2022-09-13 - 主分类号： C12Q1/6888 文献下载
摘要：本发明公开了一种普氏野马微卫星位点组合及其引物和应用，属于DNA分子标记技术领域。该普氏野马微卫星位点组合包括16个微卫星位点，所述16个微卫星位点的核苷酸序列分别如SEQ ID NO.33‑48所示。本发明使用生物信息学方法，筛选普氏野马参考基因组含有微卫星的DNA序列，设计特异性引物，对这些微卫星位点进行了多态性检测，开发了一组具有丰富多态性的普氏野马微卫星分子标记，并提供了一组普氏野马微卫星引物本发明提供的普氏野马微卫星引物对能够对微卫星位点进行特异性扩增，且具有高度多态性，可以应用于普氏野马遗传多样性、种群遗传结构、谱系地理、进化与亲缘关系等研究领域。
野马卫星组合及其引物应用

[发明专利]基于二代测序血液样本的微卫星不稳定检测方法和装置-CN201911119050.0有效
发明人：朱嘉麒;李淼;陈超;聂新华;高志博 -专利权人：深圳裕策生物科技有限公司
申请日： 2019-11-15 - 公布日： 2022-05-20 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：一种基于二代测序血液样本的微卫星不稳定检测方法和装置，其中方法包括：获取待测血液样本和对照样本的目标区域捕获二代测序数据；从基因组中找到微卫星位点；过滤掉覆盖度低于设定的覆盖度阈值的微卫星位点以及比对质量低于设定的比对质量阈值的微卫星位点；统计微卫星位点的各重复次数以及相应支持测序序列数；对各重复次数以及相应支持测序序列数进行标准化；计算每个微卫星位点上待测血液样本与对照样本各重复次数标准化结果的差值的绝对值并求各绝对值之和，作为每个微卫星位点的微卫星不稳定性；计算所有微卫星位点的微卫星不稳定性的平均值作为样本的微卫星不稳定性。本发明解决了无法获取组织的情况下难以检测微卫星不稳定的问题。
基于二代血液样本卫星不稳定检测方法装置

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